Już za niespełna rok, w marcu 2009 otwarty zostanie nowa stała wystawa przy ul. Lipowej 4: Kraków – czas okupacji (1939 – 45). Na dzisiejszej konferencji prasowej przedstawiono jej wstępną koncepcję. Dla twórców wystawy historia Oskara Schindlera stanie się pretekstem do szerszej opowieści o okupowanym Krakowie. Historia miasta zostanie przedstawiona „w kontekście ideowym, politycznym, społecznym, gospodarczym, urbanistycznym, etc oraz poprzez indywidualne losy ludzi – Polaków, Żydów, ale także Niemców: ich życie codzienne, postawy, wybory, tragedie.”
Na pierwszym piętrze znajdzie się też sala kinowa z wystrojem z czasów wojny, gdzie będą wyświetlane archiwalne filmy. Na drugim piętrze znajdą się ekspozycje poświęcone m.in. Obozowi Płaszów, a w wyizolowanej przestrzeni historii Getta. Oskarowi Schindlerowi zostanie poświęcone pomieszczenie, gdzie znajdował się jego sekretariat i gabinet (prawdziwy, a nie ten wykreowany w filmie). Tam też odkryto namalowaną na ścianie mapę, praktycznie jedyny zachowany oryginalny element wystroju.
Motywem spajającym kolejne wątki ma być ulica, odtworzona z brukiem i szynami, pokazana jako miejsce, łapanek, egzekucji, odwetu, ale też dnia powszedniego. Z ulicy będzie można np. zajrzeć do mieszkania, gdzie będzie prezentowane życie codzienne.
Zwiedzanie będzie się kończyć na parterze, w sali Sprawiedliwych, z wydzielonym miejscem na chwilę refleksji. Na parterzeprzewidziano również salę wystaw czasowych. 
